50 年代後，台灣島上不少人因為 匪諜 罪名而監禁，甚至判處死刑。不過，在 50 年代 70 年代，台灣 國民黨 當局以所謂「 匪諜 」逮捕定罪的人，絕大部分跟中共無關，只不過是台灣 國民黨 當局用以鎮壓異見人士的藉口。台灣 國民黨 當局的情報治安系統，亦即台灣人所謂的「懲治系統」最高負責人，就是 蔣經國 。事實上， 1950 年以前，中共黨員在台灣的秘密活動仍然相當活躍，但是隨著緝捕、鎮壓，而且部分中共黨員自首背叛，中共在台灣的組織已經面臨瓦解。

韓戰爆發後，美封鎖台灣海峽，大陸同台灣之間的聯繫切斷，潛伏在台灣的中共黨員已經沒有活動空間。而所謂「 匪諜 」或者「匪嫌」、「為匪張目」等罪名成為整肅鎮壓政治異見人士的最有力武器。由 1949 年到 1987 年台灣 國民黨 當局宣布解除戒嚴為止，以所謂「 匪諜 」、「匪嫌」或類似罪名被逮捕的人，不計其數，近年台灣當局表示，大概有 3 萬人被捕， 4500 人被處死，而其中有幾多人被冤枉、被株連，難以估計。 蔣介石 、 蔣經國 父子為鞏固政權而遏制不同政見者，在台灣島內形成長時期的白色恐怖氣氛，當時的台灣民眾，都學會小心言談，避免無端惹禍。

數以千計因不同政見而獲罪的案件中，最為轟動而且引人注目的有 1950 年的 吳石案 、 1954 年的 吳國楨事件 、 1955 年的 孫立人事件 、 1960 年的 雷震案 等等。