1988年1月13日，蔣經國病逝，按照中華民國憲法，副總統李登輝隨即繼任總統。14日之後，亦即是1月27日，國民黨召開中央常務委員會特別會議，由與會的27名中常委，以起立方式，一致通過李登輝出任代理主席。同年7月8日，又在國民黨第十三次全國代表大會上，由全體與會黨員，以起立方式，一致通過由李登輝繼任黨主席。隨後，又在選舉總統前夕，國民黨召開第十三屆臨時中全會，一致通過推舉李登輝參加總統選舉，並且得到由國民黨控制的，聲稱代表中國大陸各省市的國民代表投票通過，成為新一任中華民國總統。李登輝的接班符合憲法及黨章，可以說是合法的安排。不過，由李登輝接班，並非蔣經國以及國民黨的最理想選擇。 據台灣著名作家、史學家李敖所說，李登輝在國民黨這個派系複雜的執政黨之中，突然脫顈而出，是集合了所有非常理的際遇。1972年，李登輝行年50，被蔣經國提拔到行政院擔任政務委員，可以說是破格任用，而且起步較遲。6年之後，即是1978年，出任台北市長，3年之後，即是1981年，出任台灣省主席，再3年之後，即是1984年，出任副總統，4年之後，繼任總統，並且成為黨主席。李登輝前後只經歷16年仕途，就進身黨政頂，可以話竄起之快，仕途之順，無人能與倫比。 李登輝被蔣經國選中為副手的原因，主要是由於他的黨齡不長，黨內關係單純，在軍隊及特務系統，完全無影響力，而且李登輝的獨子李憲文早死，不會考慮家族利益，因此應該是一個可靠政權「看守人」。 據台灣的新聞報道，李登輝繼任總統之後，經常對一些行政部門作出直接指示，例如1989年2月1日，法務部長蕭天讚在會議中公開感謝李總統「對如何維護社會秩序及打擊重大犯罪，下達書面指示」。其他例子不勝枚舉，如電信局出現毛病，李總統親予指示，南投縣政府林地放領問題，李總統親自巡視，明察秋毫，諸如此類的動作，顯示李登輝努力嘗試利用總統、黨主席的身份、地位，一點一滴地從國民黨元老手中爭取最高權力。