1989年6月1日北京大部份院校，除了北大、清華、師大、人大之外，都已經恢復上課。不過，留守天安門的示威學生，仍然數以萬計，而且數以百萬計的海外捐款，以及大批記者慰問代表，加強了學生堅持靜坐的決心。

1989年6月3日下午，著名台灣作曲家侯德健與三位知名文化人劉曉波、高新、周舵，在天安門廣場人民英雄紀念碑下面進行三天絕食，抗議戒嚴令，並且呼籲學生和政府重新以和平方式談判對話，解決對立。

另一方面，戒嚴部隊亦接到向天安門廣場推進的命令，據外電報道，6月3日凌晨一時過後，兩支戒嚴部隊至少分東西兩路進城，沿長安街向天安門廣場推進，途中被大批民眾阻攔，又稍為後退。另一支戒嚴部隊從北面進入北京市中心，到達天安門廣場附近的南河沿附近，被民眾阻攔。另一支部隊，由北京火車站以跑步方式，列隊走近天安門廣場。軍隊的動態預示武力清場即將進行。

6月3日晚上，戒嚴部隊開始執行清場任務。綜合外電報道，6月3日晚上十時過後，天安門以西約四公里的復興門傳出鎗聲。據目擊者說，軍隊向堵塞他們前進的群眾開鎗，有最少逾三十人死亡，二百多人受傷。傷者入夜後仍不停被送往復興門外醫院。

經過連番流血衝突之後，軍隊終於在凌晨二時二十分開進天安門廣場，並以催淚彈驅散集結在廣場中央的群眾，部隊從廣場南面的前門向中央推進，沿途向高空發射照明彈，群眾被迫向天安門廣場北面後退。

6月4日早上，「人民日報」頭版刊登一則消息：標題為「北京這一夜」，內容如下：本報6月4日凌晨五時訊，解放軍報6月4日社論說：自6月3日凌晨開始，首都發生了嚴重的反革命暴亂。三日二十二時左右，軍事博物館一帶響起槍聲，戒嚴部隊進城，從午夜到凌晨，友誼醫院、阜外醫院、北京市急救中心、鐵路醫院、復興醫院、協和醫院和廣安門醫院等不斷給本報來電話，告知收治人員的傷亡情況。到截稿為止，戒嚴部隊已突進天安門廣場。