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天啟三年（1623年）東林黨人吏部尚書趙南星，趁每隔三年京察（考核大臣、官員政績功過）機會，排斥非東林黨人，以「先朝結黨亂政」為藉口，罷斥一批大臣。被罷斥者紛紛賄賂司禮太監魏忠賢求助，魏忠賢成為非東林黨人保護傘，結成「閹黨」。東林大臣上表彈劾魏忠賢，要求天啓帝懲治，天啓帝當然不予理會，魏忠賢出手反擊，借遼東經略熊廷弼對王化貞戰敗幸災樂禍，追究遼東失守責任，又查出熊廷弼與東林黨大臣關係密切，而且牽涉賄賂，於是逮捕東林黨人，嚴刑拷打，楊漣、左光斗、高攀龍、黃尊素等大臣死於獄中，魏忠賢又下令拆毀全國書院，嚴禁講學，朝廷內「忠良盡去」，閹黨當道。

正當明朝朝廷內黨爭激烈，腥風血雨瀰漫之際，遼東邊防亦危機重重。天啟六年初，後金天命汗努爾哈赤親自率領大軍進犯寧遠城，守將袁崇煥率領全城軍民堅守，城牆上布置數十尊由葡萄牙傳教士協助鑄造的「紅夷大炮」（稱之為「紅夷大將軍」），不斷轟擊攻城的後金軍隊，努爾哈赤中彈受傷，後金軍撤退，數月後努爾哈赤傷重不治駕崩。寧遠大捷，袁崇煥成為大英雄。

然而好景不常，同年五月初六，北京城發生「王恭廠大爆炸」，天啓帝獨子太子慈炅受驚而死，年底，天啓帝因墮水得病，亦英年早逝，臨終，把帝位付託給唯一的弟弟信王朱由檢，即崇禎皇帝。
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