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崇禎二年六月，袁崇煥斬殺毛文龍之後，威名大振。十月，崇禎帝以袁崇煥防備後金、守邊有功，進封他為「太子太保」。然而，後金天聰汗皇太極，已在崇禎二初，聯同部分蒙古部落，打敗蒙古最強的霸主察哈爾部林丹汗，長城以北的蒙古部落（即所謂「漠南蒙古」，或其後所稱的「內蒙古」）相繼歸附後金，於是後金勢力，直達長城邊外。

崇禎二年十月，皇太極親自率領後金、蒙古將士號稱十萬人，繞道蒙古，從喜峰口進入長城內，攻掠北京附近遵化、順義、香河、永平、灤州等城邑，並屯兵於北京城南南苑，北京為之恐慌戒嚴，歷史上稱為「己巳之變」。崇禎帝急召袁崇煥勤王，十一月十六夜，袁崇煥趕在後金部隊前到達北京，駐軍廣渠門外，袁入城謁見崇禎帝，得崇禎帝慰勞。皇太極亦因後援不繼，挾持大量人畜財物撤退出長城返回蒙古。

北京城突遭兵災，流言四起，指責袁崇煥縱敵擁兵，與後金勾結。而皇太極亦施反間計，暗示早已與袁有密約。崇禎帝降旨逮捕袁崇煥，經過半年多的審判，崇禎三年袁崇煥仍被以「通虜謀叛」、「擅主和議」、「專戮大帥」的罪名遭判凌遲之刑，於北京西市行刑。當時北京全城百姓視袁崇煥為叛徒，恨之刺骨，爭啖其肉。

誅殺袁崇煥之後，並無為明朝帶來安寧，東北邊疆形勢日見艱困，而更嚴峻的是，西北方陝西的民變，不斷擴大，動搖明朝的國本。

晚明民變的星星之火，起始於天啓七年（1627年）三月，陝西大旱，澄城知縣張斗耀不顧饑民死活，仍然催逼税，白水饑民王二聚集數百人衝入縣衙，殺死張斗耀，揭開了明末民變的序幕。隨後，陝北各地流氓、失業農民紛紛響應，由崇禎元年至三年，陝西各地，有一百多股叛民，其中以高迎祥、王嘉胤勢力最強大，高迎祥手下有李自成、張獻忠，都是強悍的亡命之徒。

明廷令三邊總督楊鶴採用「剿撫兼施、以撫為主」的戰略，希望盡快剿平叛亂，但叛民四出流竄，隊伍不斷擴大，楊鶴因剿寇失敗罷官入獄，洪承疇繼督陝西，改用「以剿堅撫，先剿後撫」方針，集中兵力進攻陝西流寇。
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