慶曆六年（1046年）正月，包拯完成出使契丹任務，準備回國，契丹官員忽然摒退左右，向包拯作出投訴：宋朝邊境的雄州（即舊日的瓦橋關，升格為州，是宋朝面對契丹的邊防重鎮。今河北省雄縣，近年設立雄安新區）新開東南便門，招納不少契丹南京（即幽州，又稱燕京，今北京市舊城廣安門一帶）奸細，要求包拯「說與雄州」（即提醒雄州官員，不要收集契丹情報。意思是不要破壞兩國友好）。包拯即時反駁：雄州假如真的招納奸細，己早有城門，新開東南城門，與兩國友好何干？貴國是否疑心過重？

包拯奉使回朝之後，改任戶部判官，主管財務，三年之後，再調任知諫院，即諫院長官。當時包拯五十二歲。

皇祐二年（1050年）春，朝廷爆發了棘手的「冷青案」。事緣開封城忽有一個名為冷青的人，自稱是真宗皇帝的私生子，也就是仁宗的弟弟，令朝野震動。由於仁宗是真宗的獨子，而他已到中年，仍未有子嗣（仁宗有多個公主，但所生皇子都夭折），冷青的出現，威脅了仁宗的皇位繼承。仁宗命包拯處理此案，包拯接旨後，縝密調查，得出結果：冷青之父名冷緒，娶冷青母，先生一女，再生冷青，由此證明，冷青不可能有皇室血統，以「大逆不道」罪，判處極刑。

然而，包拯隨後以知諫院職責，多次彈劾仁宗的寵妃張貴妃伯父張堯佐（貴妃父早逝，由伯父撫養），指控他濫權不法，稱他為「真清朝之穢污，白晝之魑魅」。仁宗不予理會，照樣對張堯佐加官晉爵，引起御史、諫官及其他大臣群起彈劾，仁宗雖然不高興，但指示張堯佐自律約束。包拯卻因此掛上「龍圖閣直學士」館職（銜頭），外放為河北都轉運使（主管河北路的財政。宋朝的路，相當於省）。在此期間，包拯的獨子包繶病逝。年近六十，老年喪子，悲莫甚焉。

包拯在河北都轉運使任上，有喪子之痛，要求朝廷免去都轉運使繁重職務，「乞便郡」（即要求調任政務較簡單的地方州郡），於是調任揚州知州。但不久，因包拯舉薦的人犯了錯誤，包拯要承擔舉薦失當的責任，被連坐降職。這時，老朋友歐陽修上書為包拯鳴寃，力陳包拯正直清廉，「清譽天下皆知」，豈能以小過棄之！希望仁宗能把包拯置之左右。仁宗接納歐陽修意見，先任命包拯以刑部郎中官銜知江寧府，即今日的南京。不久，調回京城，擔任人所熟知的「權知開封府事」，即民間所傳的「開封府尹」。

開封府，又稱南衙，初建於五代後梁開平元年（公元907年）。後梁太祖朱溫（朱存忠）以他發迹的根據地汴州為都城，號稱「東都」，把汴州升格為「開封府」，管轄十五縣，其中浚儀、開封兩縣衙門都在開封城內，是為附廓縣。其後後唐、後晉、後漢、後周四朝都是開封府。開封府行政長官為「開封府尹」，一般由皇子、皇弟或重臣擔任。皇子、皇弟出任開封府尹，地位相當於皇儲，有繼承帝位的暗示。

北宋太祖建隆元年（960年），陳橋兵變取得帝位建立宋朝之後，以開封為國都，稱為「東京」，開封府建置不變，管轄十六縣（開封、祥符、尉氏、陳留、雍丘、封丘、中牟、陽武、延津、長垣、東明、扶溝、鄢陵、考城、太康、咸平），祥符（原浚儀縣）、開封兩縣仍然同為附廓縣。

宋太祖任命皇弟晉王趙光義為開封府尹，其後晉王繼位為宋太宗，太宗又先後任命皇弟魏王趙廷美、皇子元僖、元侃為開封府尹，廷美、元僖有過失被廢，元侃繼位成為宋真宗，改名趙恆。自此之後，「開封府尹」官名虛懸，沒有大臣敢擔任，開封府行政長官改稱為「權知開封府事」。

據現存的北宋《開封府題名記》所載，自太祖建隆元年（960年）到徽宗崇寧四年（1105年）一百四十六年間，開封府先後有長官一百八十三人次，其中，宋太宗、宋真宗、宋欽宗三位皇帝都曾潛龍在此，都是府尹；大臣任職的先後有呂餘慶、寇準、呂夷簡、包拯、歐陽修、范仲淹、蘇軾、司馬光、蘇頌、蔡襄、蔡京等名臣，官銜都是「權知開封府事」。

宋仁宗嘉祐元年十二月（1057年1月），包拯以龍圖閣直學士任權知開封府事，至嘉祐三年六月離任，前後只有一年有餘。這一年半左右的職務，卻在民間記憶中，成為包拯的「終身之職」，什至包拯就等於開封府尹。