羅明堅試圖在中國打開急進式傳教局面遭到的失敗，不得不離開肇慶，甚至離開中國，回到羅馬。利瑪竇代替羅明堅，主持肇慶僊花寺的教務，他貫徹范禮安神父開創的溫和路線，擺脫了急進式擴大傳教步伐，採取適合中國國情的緩緩進取路向。

利瑪竇的博學和僊花寺豐富的西方文化藏品吸引了眾多廣東高官和士人前來拜訪。在當時得到朝廷認可的新興起「王學」思潮（即王陽明在正德、嘉靖年間開創的「心即理」「致良知」學說，重視探尋新知識，建立個人觀點）影響下，中國新一代士大夫對新知識興趣濃厚。在肇慶，利瑪竇結識了時任廣東參議的徐大任、潮州知府的郭子章、廣東右布政使滕伯輪、廣西全州士人蔣之秀、廣東清遠士人鍾萬祿。他們都成為利瑪竇的好朋友。

但好景不常，王泮升官離開廣東之後，新任總督劉繼文信奉道教，深信占卜和扶乩、風水命理，認為僊花寺佔得風水寶地，妨礙他的官運，於是聲稱來自澳門的幾個傳教士是葡萄牙人的「奸細」，把打聽到的有關中國的一切事情都通報給葡萄牙人，並且經常耍花招勾引無知百姓，下令把所有神父遣返澳門，或者驅逐往廣東北部的韶關看管。總之，不許神父繼續留在肇慶。

1589年（明萬曆十七年）初，利瑪竇準備離開肇慶時，卻結識了總督劉繼文的同鄉好友瞿太素，他與利瑪竇一見如故，向利瑪竇學習西洋科技。

瞿太素，名汝夔（音葵）其父瞿景淳，南直隸常熟人，嘉靖間會試第一（會元），殿試第二（榜眼），官至禮部左侍郎，兼翰林院學士。其長兄瞿汝稷，官至太僕寺少卿，是著名的佛教學者，致仕後，撮輯歷代神僧法語為《指月錄》，盛行於世。二兄瞿汝說，官至湖廣提學使，著有《皇明臣略》百卷。

太素年輕時是著名的「不羈浪子」，因與長兄之妻徐氏通姦被逐出家門，浪跡各省，在衙門中為幕僚（俗稱「打秋風」或「乞食侯門」）。結識利瑪竇之後，跟利瑪竇學習《同文算法》、《渾蓋圖說》、《歐幾里得幾何》，並將《歐幾里得幾何》第一卷譯成中文，並皈依天主教。成為利瑪竇的忠實朋友。瞿太素向總督求情，延遲了驅逐神父的計劃。其後，劉繼文同意遣送利瑪竇到韶州居留，韶州即今韶關市。劉繼文吩咐通判（官職）呂良佐陪同利瑪竇到韶州，
8月中，利瑪竇乘船離開居留六年的肇慶北上，先寄居在韶州最大佛寺南華寺。當時他已三十七歲。

利瑪竇經此挫折，借佛教的名號在中國傳播天主教福音，並非良策。他在肇慶六年與官員、民眾交往的經歷，使他逐步認清了中國傳統的主流信仰是儒學：它不是西方意義上的宗教（利瑪竇稱之為自然神學），中國人靠儒學協調信教與不信教的矛盾，以及儒、佛、道等各種不同的信仰和文化之間的關係，達致「和而不同」的理想境界。

利瑪竇在肇慶遭遇不少困難，引起不少誤解和碰撞，都是靠郭應聘、王泮、朱東光、蔡夢說、黃時雨、方應時等一些具有較深儒學素養的官員和文人士大夫的幫助，才得以一次又一次化解危機，走出困境。促使他逐步走上尊重儒學之路，他吸收孟三德、羅明堅等神父急進式傳教的失敗教訓，放棄用西方宗教來「歸化」，中國人的企圖，把宗教傳播變為以科技文化為先導，慢慢深入到哲學層面溝通的文化活動，尊重中國國情，與中國社會相適應的正確路向。

萬曆十七年8月24日，利瑪竇抵達韶州南華寺，向寺中和尚表明天主教與佛教有別，拒絕在寺中居留，被送到韶州府城，暫居武水西岸光孝寺，其後得到總督批准，並獲得范禮安撥款，利瑪竇在韶州光孝寺附近建築中式居所和教堂。其後，范禮安從澳門派鍾鳴仁與黃明沙兩位華人天主教徒到韶州協助利瑪竇，並從印度果亞召來蘇如漢、羅如望兩神父，要他們到澳門準備入中國內地傳教。

瞿太素到了韶州，師從利瑪竇，打算學習煉金術，但利瑪竇只教他歐洲的天文學和數學。太素認真學習了利瑪竇老師丁公的《天球論》和歐幾里得的《幾何原本》，並用圖表裝點他的學習手稿，用木材和金屬製造各種科學儀器，如六分儀、天球儀、象限儀、日晷、量角器等。瞿太素成了把西方科技文明引進中國最早的引介人。