1624年（明天啓四年）年底，鄭成功出生後不久，鄭芝龍與李旦離開平戶，原因不明。有說法是李旦被平戶藩主驅逐出境，另一個說法是李旦應荷蘭人邀請，調停荷蘭與明朝之間的矛盾。年幼的福松（鄭成功）仍留在平戶，由母親田川氏（翁氏）撫養。

李旦及鄭芝龍船隊停靠在另一家海商（海盜）集團所建立的港口今日台灣中部的北港（今台灣雲林縣北港鎮一帶），海盜的首領名顏思齊，家鄉是漳州府海澄縣青礁村（今屬廈門市海滄區）。顏思齊年輕時參加海商（海盜）集團，由於精通武術，性格豪爽，很快成為領袖之一，為了方便在馬尼拉經商，受洗為天主教徒，教名伯多祿（Pedro，即英語的Peter），歐洲人稱他為「中國的伯多祿」。他集結了一大群海商（海盜），在今日台灣西岸中部北港一帶建立了十個村寨，招募福建農民開墾耕種，兼作為貿易根據地，號稱「十寨」，每個村寨各有寨主，與顏思齊結拜為兄弟，鄭芝龍是其中之一，此外有陳衷紀、楊六、劉香等，尊顏思齊為首領。當時日本人稱他為「甲螺」；荷蘭人、葡萄牙人、西班牙人稱他為「甲必丹」意思是首領。

當時台灣島仍是明朝東方的「化外之地」，沒有全島的名稱，一般文書稱之為「小琉球」，以別於明朝藩屬琉球國（大琉球，今日本沖繩縣），葡萄牙人稱之為「福爾摩沙」即美麗之島。島上不同地方各有名稱，其中一處名「大員」在今台南市一帶，為後來「台灣」名稱的來源。居民是數以百計以漁獵為生的原住民部落，各有首領，互不統屬（近代學者歸類為「平埔族」及「高山族」，語言不同，族源不同），島上的無政府狀態為海盜建立據點提供便利，而歐洲武裝商人亦對之虎視眈眈，1622年荷蘭人試圖佔領澎湖，被明水師（海軍）驅逐之後，向東佔據鹿耳門（今台南市）一帶，設立殖民地。據明朝福建官府的報告，「思齊剽掠海上，倚為巢穴（指北港）」，荷蘭官員向東印度公司（駐地在巴達維亞，今印尼雅加達）報告，顏思齊是「惡名昭彰的海盜」，可見顏思齊集團實力非常雄厚。他在福建沿岸還有一個重要據點，就是廈門島。

1625年7月，李旦離開北港，返回日本平戶，不久後在平戶逝世。李旦的兒子李國助（洋名奧古斯丁）無法得到其他頭目支持，鄭一官（芝龍）被推舉為新首領。同年10月，顏思齊在山區打獵時得病死去，鄭一官又接管了北港的顏思齊集團。一年之內，鄭一官成為中國沿海兩大海商（海盜）集團的首領。究竟有什麼隱秘，已不得而知。

鄭成功出生這一年（1624年·天啟四年）明朝及週邊地方發生一些大事：
明朝政局－司禮太監魏忠賢權力擴大，朝中大臣楊紋、左光鬥、魏大中、袁化中、周朝瑞、顧大章等彈劾魏忠賢，被魏黨（閹黨）藉故逮捕入獄，死於獄中，被稱為「東林六君子」。閹黨乘機清除異己，在南方各省興起大獄，打擊東林士大夫。
後金－天命汗奴爾哈赤接連攻陷明朝遼陽、瀋陽、義州、錦州等四十多城鎮，遷都遼陽，1625年又遷都沉陽。明朝退守山海關、寧遠城（今遼寧省興城）。
荷蘭－明朝水師擊走佔領澎湖之荷蘭人，荷蘭人退往台灣，逐步建立殖民統。
日本－德川幕府禁止西班牙人到日本經商及傳教。

明天啓五年（1625年）年底，中國沿海兩大海商（海盜）集團經歷了巨變，兩大集團首領李旦、顏思齊先後逝去，年僅二十出頭的鄭一官被各頭目推舉為領袖，改名為鄭芝龍，他繼承了李旦龐大的船隊，從北起日本南至呂宋、安南、占城的國際貿易網絡；又得到了顏思齊的的人馬，並且與日本德川幕府、荷蘭主管東亞軍事與貿易的東印度公司官員都有密切往來。據說鄭芝龍得到荷蘭官方授權的「劫掠許可狀」（Letter of Marque）有權截劫所有荷蘭敵對國家（或集團）的船隻，每次出海劫掠都收獲甚豐，向荷蘭官方繳納巨額劫掠稅，於是鄭芝龍集團控制了台灣海峽的過路權。他勢力最盛時，手下有四百多艘船艦，六、七萬人。

天啓六年（1626）年初，鄭芝龍召集手下大小頭目對福建沿海發動進攻，他自帶領十艘戰船、三艘快哨船登陸金門、厦門島，肅清敵對的海盜勢力，次年六月，又進犯銅山（今東山島）、廣東潮州南澳島等處。當時正遇上福建連年飢荒，鄭芝龍以「劫富濟貧」為口號，而且禮賢下士，吸引大量士紳、民眾投靠，聲勢大振，令明朝福建官府大為頭痛。甚至有地方官以開放貿易為條件，請求佔據大員（台灣）的荷蘭人聯手剿滅鄭芝龍。荷蘭艦隊被鄭芝龍擊敗，但每遇上明朝水師船艦，鄭芝龍都會手下留情，嚴令部屬不能令明朝將官難堪。

天啓六、七年兩年期間，鄭芝龍擊敗了明朝水師提督俞咨皐統領的福建、浙江水師，殺死了為荷蘭收購貨物的巨商許心素；擊敗了荷蘭艦隊，重新整合中國東部海商（海盜）勢力。鄭芝龍已經成為擁有上千船艦，數萬部屬的海上勢力，可以與明朝政府、荷蘭殖民者，三方在海上博弈的重要角色。

同一時間，天啓六年（1626年）正月，努爾哈赤率領後金大軍渡過遼河，二十三日抵達寧遠城下，守將袁崇煥指揮全城軍民誓死守衛城池。後金兵屢次攻城失敗，袁崇煥以西洋「紅夷大炮」轟擊後金軍，後金軍傷亡慘重，努爾哈赤亦受重傷，撤退回瀋陽，不久傷重逝世。