秦川回到溪城,試圖說服顧保雄儘快排除胡中興的干擾,但顧保雄不認同。秦川隨後向省廳申請成立專家組,武英德帶隊前往溪城。民警鄧光榮在一段905公車的視頻上,發現了疑似犯罪嫌疑人(張克寒)的身影,秦川和武英德等人立刻趕往視頻中心,並集中警力排查公交沿線。

2011年,秦川到省廳刑偵總隊擔任副總隊長。趙飛提供的新線索顯示在逃犯胡中興有重大作案嫌疑。秦川認為一方面要徹查兇手在溪城逃跑的公交沿線視頻,另一方面亦要到嵐江市胡中興犯案的地方作勘查。經一番研究後,秦川認為胡中興並不是兇手,決定重新定立偵查方向。
2009年10月和12月,溪城發生了兩宗槍殺案。武英德、曹忠恕經現場勘察研究後,提出可以確定溪城的兩宗案件和昀城的兩宗案件是系列案,但卻遭到溪城市局副局長顧保雄的反對。2010年10月溪城再次發生槍殺案,秦川受武英德委託,決心偵破昀城、溪城系列案。
秦川到武英德家拜訪,武英德把昀城04年、05年兩家銀行爆發的持槍殺人搶劫案講給了秦川,邀請秦川下次一同前往偵辦,秦川欣然同意了。09年3月,昀城一個部隊哨兵被射殺及搶走槍械。秦川提出以查槍為切入點,但因建議遲遲未得到落實,無奈離開了昀城。
五年後,秦川去到淞山縣辦理一宗久偵未破的姦殺積案。秦川仔細研究了案情,認為這個案子有生物物證,可以利用DNA來破案。秦川求助省廳物證鑑定中心卻得不出頭緒,物證中心主任雷修平決定換國際前沿技術再試,結果在樣本中鎖定了疑犯,案件終得以偵破。
秦川被調往緒城市擔任市局刑偵支隊支隊長。東萍縣公安局局長緊急前來請求秦川去指導辦案一宗五年未破的婦女兒童被殺案。由於證據鏈不夠完整,犯罪嫌疑人兩次被收押後都釋放了。秦川要求拿出案子的副卷,發現當中有半枚血指紋,便找來專家曹忠恕鑑別,兇手原來另有其人。
秦川得知胡兵為了追逃犯出了意外,悲從中來,與胡兵徹底釋懷。2000年春節,刑偵專家武英德到緒城市局講課,與秦川就松林縣一個案件進行了一段激烈的討論,更收了秦川為徒。此時,葉茂生的案子又起了變故,秦川向武英德求助,從中對作為執法者又有了新的領悟。
秦川審訊了王五,他交待偷糧團夥的頭是李埋伏。秦川帶人來到李國英家,發現牆上的日曆上有一個電話號碼。秦川根據電話號碼找到了一個叫順天福的飯店,在一番探查下,發現一群人正在院子裡挖地道,原來是一團盜賊,盜賊的頭目就是李國英。秦川請來當地民警協助抓捕盜賊。
秦川辦理郭鳳英案時,被河昌市檢察院柴雲平要求把郭鳳英捐給鎮政府的三萬塊贓款追回來。秦川帶人去古慶鎮政府要回贓款卻遇冷釘子。秦川讓內勤假扮記者成功追回贓款,又在郭鳳英堂弟郭強找到了票據,破獲了案件。隨即,秦川又被邀請幫紀委查一宗盜竊國家儲備糧庫案。
葉茂生深夜回家時偶遇一名偷車賊,上前阻止卻遭偷車賊開槍後逃跑。葉茂生重傷不治,犧牲在寒夜裡。犯罪嫌疑人牛玉國被緝拿,卻因沒有屍檢報告被檢察院退卷。秦川找到專家給出彈道測試報告,法院最終判處牛玉國死刑。此後,秦川也開始回到正軌,開始主持預審科的工作。
案子告破,刑偵總隊幹部趙飛來到河昌慰問大家,趙飛與秦川等人結下友誼。戴長江告訴秦川,市里和局裡要給秦川請功,他還想把跟秦川有矛盾的胡兵調走,可是戴長江因為職務變化,也離開了西山分局,不好再插手。最後,韓敬東提出讓秦川和胡兵皆調離西山分局。