同治七年（1868年）農曆七月，左宗棠殲滅捻軍，獲得清朝賞賜太子太保榮銜。然而，同一時期，陝西、甘肅（當時甘肅省管轄今寧夏回族自治區及青海省東北部）等西北省份的回民動亂已經惡化。

所謂回民，是指信奉伊斯蘭教（俗稱「回教」）的民眾，廣泛分布於西北的陝西、甘肅（包括今寧夏、青海）等省的市鎮及農村，中原的河南、山西、直隸（今河北省及北京、天津）、山東等省及雲南、福建亦有分布。回民的起源，據史學家考證，是唐、宋以來陸續從中亞、波斯（今伊朗）、大食（今中東阿拉伯諸國）到中國謀生、經商的移民。特別是元朝時，不少回教徒跟隨蒙古統治者到達中原，加入元朝軍隊，鎮守西北各省及雲南各重鎮，或任職各級官員，部分回教徒在大都（今北京）及沿大運河、沿海市鎮經商，當時稱為「色目人」，擁有政治特權；地位高於漢人（指金朝、西夏、高麗遺民及後裔）、南人（指南宋遺民及後裔）明朝建立，蒙古統治者被逐出中原，但這些數以十萬計的信奉回教色目人，已經留在中原三、四代，只能繼續在中原居住，已失去政治特權，改用漢人模式姓名，例如馬、麻、哈、蕯、沙等，又有改姓張、楊、李、王等，從事農業、經商，日常生活基乎完全漢化。由於信仰與漢人不同，回民聚集成村落，極少與漢人通婚。明朝中期以後，回漢衝突增多，不少發生回漢械鬥。

咸豐初年，太平天國起事，一些回民首領亦起兵呼應，西北各省官府窮於應付，清朝呼籲地方鄉紳組織團練鎮壓叛亂。陝西回民首領任武、赫明堂、鄒玉龍、白彥虎等人率領「十八大營」包圍西安，威脅潼關。咸豐十一年（1861）原任工部侍朗張芾奉旨回陝西家鄉辦團練。同治元年(1862)五月，張芾在臨潼與回民首領談判時被挾持，其後被殺並肢解暴屍，回民動亂惡化；陝西、甘肅官員極大震動，聯名向朝廷請兵入陝鎮壓。同治七年（1868）八月十五日（中秋節）兩宮太后慈安、慈禧召見左宗棠，委以穩定西北邊疆重任，宗棠慨然接受。他所面對的，是複雜的民族糾紛，在進兵、籌餉、運糧等方面，困難重重。而且，不少朝廷重臣及地方督撫，認為清朝當前急務，是應付海防，對用兵西北，不願支持，宗棠要完成任務，阻力極大。更加嚴峻的清況是，宗棠相自幼相依為命的二哥宗植、患難與共的元配周夫人、自幼因病癱瘓的愛女孝琪，以及他寄予厚望的長子孝威，在數年間先後去世。宗棠強忍悲痛，為穩定西北邊疆而操勞。

他深切知道，「回亂」的根源，是陝、甘官府腐敗，激發回漢衝突。他的治邊理念，堅持「多殺非仁，輕怒非勇，誅止元惡，鋤必非種」，「漢回仇殺，起於細微，漢禍既慘，回亦
無歸。帝曰漢回，皆吾民也。使者用兵，仁義節制，用剿用撫，何威何惠」。宗棠自同治七年1868年十月坐鎮西安開始，至同治十二年（1873）九月肅州之役結束，用了五年時間平定西北回亂。