1578年（明萬曆六年） 3月29日，利瑪竇與孟三德、羅明堅等耶穌會士一行十四人，得到葡萄牙國王的贊助，離開里斯本，分乘三艘葡萄牙商船前往東方。目標是繼承方濟各沙勿略的遺志，往中國傳播福音，拓展天主教的影響力。

同年9月13日，利瑪竇、羅明堅、巴范濟和阿卡維伐等人到達印度果阿。此後，利瑪竇在果阿聖保祿學院居，住了四年，繼續攻讀神學，同時教授拉丁文和希臘文，並且在果阿一帶傳教，有明顯的成果，期間進升為司鐸（神父）。羅明堅則在到達果阿之後，動身前往澳門。

當時負責耶穌會東方教區的總視察員范禮安（Alessandro Valignano ，1539-1606），在澳門去信給耶穌總會會長，說他經過九個月的觀察和詢問，認為「中華民族是一個聰明的、有成就的、獻身於藝術研究的民族。這個民族是可以被說服允許一些同樣以學識和品德出名的外國人來到他 們中間居住的，假如他們的客人精通中國語言文字的話，這個民族有一天會樂於接受基督教」，因此范禮安要求耶穌會至少選派一位適宜學習中國語言文字並準備到中國傳教的耶穌會士到澳門來。意大利的那不勒斯人羅明堅（MicheleRuggieri，1543-1607）被選送來擔負這項任務。

羅明堅在澳門請了一個畫家教他學習中國的語言文字，並學習中國的禮儀。經過兩年多的刻苦攻讀，羅明堅掌握了一萬二十多個中國單字，但他年紀已36歲，說中國話仍感困難。於是，他開始跟隨葡國商人進出廣州，參加這裡舉行的交易會。而且通過贈送鐘表等禮物，結識不少廣東官員，因此被賜予特權，在市集期間安排羅明堅到暹羅使團專用的館邸中住宿，不必像其他外國人一樣回船上過夜。

羅明堅在澳門耶穌會修道院（聖保祿公學）旁邊建立聖馬丁備修院，一方面向澳門居民傳教，一方面為新來澳門的耶穌會士提供學習中文的場所。為在廣東傳教奠定基礎。

萬曆十年（1582年）范禮安為了加強對華傳教，決定加派傳教士到澳門，於是邀請利瑪竇到澳門協助羅明堅。陽曆8月7日，利瑪竇抵達澳門，先在澳門澳門學習漢語漢字，為進入中國內地傳教作準備，同時參與撰寫范禮安著述的《聖方濟各•沙勿略傳》的第三章《論中國的奇跡》。

12月初，兩廣總督陳瑞致函澳門神父，准許神父到總督駐地肇慶建造教堂和寓所。 於是巴範濟、羅明堅與譯員裴理伯前往肇慶，利瑪竇留在澳門靜候佳音。巴範濟、羅明堅受到兩廣總督陳瑞接見。他們獻上鐘錶和幾隻三稜鏡，總督非常高興，他分派給他們一座寬敞的住所，與城東門外天寧寺相通。在這裡，羅明堅認識了肇慶儒生陳理閣（應為高要縣舉人陳萼，萬曆《肇慶府志》撰修者之一）。但不久，總督陳瑞離任，羅明堅等神父必須離開肇慶，回到澳門。

羅明堅通過送禮請托，得到許可，與利瑪竇到廣州見到了海道副使朱東光，向他陳述神父們是慕中華帝國之名，遠涉重洋，想留在這裡度過餘年。他們祇需要有一小塊地方，建築房屋以及一座禮拜天主的教堂。

朱東光答應代為呈請兩廣總督，不久，即該年8月，肇慶知府王泮就派使者到澳門遞交一封由新任兩廣總督郭應聘的批准信，邀請神父們到肇慶修建住所和教堂。9月1日，羅明堅、利瑪竇與譯員斐理伯離開澳門。10日抵達肇慶，他們在府署中受到王泮的禮遇。神父們從此穿上僧服，在肇慶定居下來。是年利瑪竇31歲。

經過實地觀察，神父們決定在西江岸邊，興建中的崇禧塔附近，建造教堂和住所。經總督批准，知府王泮在崇禧塔之北劃出一角土地給神父，並在利瑪竇要求下把所劃地皮增到一畝多。 教堂施工開始後，負責建塔監工的高要舉人譚諭發現神父們建的不是佛堂而是歐式建築，有違中國寺廟中塔與佛堂同在一條中軸線的建築佈局，提議將教堂建築用地移到塔的東側，使教堂大門能夠獨立開在塔圍牆外的路邊，自為一所。神父們高興地同意了這一方案
利瑪竇在儒生陳理閣（陳萼）的幫助下，把從歐洲帶來的三稜鏡賣給一商戶，得二十金錠支持建設費用。為了籌集建築經費，羅明堅和翻譯斐理伯返回澳門，向王泮辭行，羅明堅答應在澳門為王泮訂購一座自鳴鐘。

萬曆十二年（1584年）4月，教堂的第一層落成，取名「聖童貞院」，中間大廳佈置聖壇，上掛聖母畫像。大廳兩側四個房間，一為寢室，二為地圖展示室和繪製室，三為西文圖書館和會客室，把神父們從歐洲帶來的一批天文、地理、數學、機械、水利及城市建築畫冊放在裡面展出。四為天文儀器陳列室，並在此製作日晷和自鳴鐘。

教堂落成之日，王泮題寫了「僊花寺」（即仙花寺）的牌匾掛在大門上，還題寫了「西來淨土」牌匾掛在會客室兼西文圖書館的牆上。王泮特地在教堂外貼上一張佈告，說明外國僧人入住的房屋是經兩廣總督批准興建的，任何人騷擾他們，要受嚴懲。不久，王泮又給神父們送來兩個文件：一件是房屋用地許可證，另一件是准許他們經廣州來往澳門的通行證。羅明堅、利瑪竇開始在肇慶定居。